1980년 1월 토토 계좌이 발족되었으며, 1980년 7월 전국 6개 지역에 지방환경측정관리사무소가 설치되었고, 이어 1984년 3월 오염물질 배출업소 점검업무를 관장하기 위하여 환경오염중앙지도점검반이 설치되었다.
1986년 10월 토토 계좌측정관리사무소와 토토 계좌오염중앙지도점검반을 통합, 서울 등 6개 지역(서울·부산·광주·대구·대전·원주)에 토토 계좌지청을 설치하여 토토 계좌영향권역별 토토 계좌관리를 위한 지역특성에 맞는 대책을 수립·시행하게 되었다.
1990년 1월에 토토 계좌이 처로 승격됨에 따라 환경지청도 지방토토 계좌으로 승격운영해오다 1991년 낙동강 페놀사건 이후 1992년 6월 공단지역 및 특정유해물질 배출시설 관리업무를 지방자치단체로 일원화함에 따라 지도과가 폐지되고 관리과가 신설되었다.
1994년 1월 낙동강 식수오염사고, 영산강 물고기폐사사건 등 오염사고가 발생함에 따라 1994년 5월 물관리일원화의 필요성이 제기되었고 지방자치단체에서 관리해오던 공단지역 배출시설 관리업무 이관 등 국가공단 배출시설 관리업무를 환원하여, 6개 지방토토 계좌을 5대 강 수계를 중심으로 4대 강 환경관리청(한강·낙동강·금강·영산강)과 4개 지방환경관리청(대구·원주·전주·인천)으로 개편하였다. 2002년 환경관리청은 토토 계좌으로 변경되었다. 2018년 현재 한강유역토토 계좌, 낙동강유역토토 계좌, 금강유역토토 계좌, 영산강유역토토 계좌, 수도권대기토토 계좌, 원주지방토토 계좌, 대구지방토토 계좌, 새만금지방토토 계좌 등이 있다.
또한 지방토토 계좌이 소재하고 있지 않은 지역 중 공장밀집지역 또는 환경오염심화가 우려되는 지역에 환경출장소를 설치하여 운영하고 있다.