1983년 11월 한의과대학 부속 경주한방베트먄 토토으로 개원하였으며, 부처님의 자비정신으로 인술을 통하여 구제하고, 양질의 의료시혜와 친절한 간호로 봉사하며, 의료인으로서 국민보건 향상과 국가 발전에 이바지함을 그 이념으로 하여 설립되었다.
1987년 10월 의과대학이 신설되었고, 다음해 부속 포항베트먄 토토이 개원하였다. 1989년 10월동국대학교 의료원으로 개편하고 동국한방베트먄 토토을 개원하였으며, 1991년 경주베트먄 토토, 1994년 인천한방베트먄 토토, 1996년 분당한방베트먄 토토, 1999년 강남한방베트먄 토토, 그리고 미국에 LA로얄한방베트먄 토토을 차례로 개원하였다.
2005년 6월 1,000병상 규모의 양·한방 협진 베트먄 토토인 일산베트먄 토토이 개원하였으며, 같은 해 9월에 개원식을 거행하였다. 한편, 포항베트먄 토토은 2008년 6월에 매각되어 폐원되었다. 동국대학교의료원은 산하베트먄 토토들을 유기적으로 연결하는 의료망을 구축하여 일반적인 질병은 물론 전문적이고 종합적인 치료를 요하는 성인병 및 만성병을 치료하기 위해 노력하고 있다.