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북도친기위(北道親騎衛)와 같은 종류이다. 1728년(영조 4) 무신란(戊申亂)에 출정한 군병 가운데서 궁술을 시험하여 90여인을 무과에 합격시켰는데, 이들을 전원 채용할 수는 없었다.
이에 이듬해에 급료가 주어지는 33과(窠)를 특별히 설치하고 이를 별기위라 하였다. 1736년에 그 중에서 한 자리를 감하여 32자리만 두었다. 역(役)을 차출하는 것은 별무사(別武士)와 같고, 송패(松牌) 거행을 담당하였다.
또한 공북문(栱北門) 동쪽에서 종묘 대문 서쪽까지의 순찰 및 남별영(南別營)의 입직(入直)을 담당하였다. 금위영의 마의(馬醫)를 별기위 1인이 겸임하기도 하였다.