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고려시대에 창건됐다고 한다. 상원암 상량문에 의하면 1580년(선조 13) 중창했다고 하며, 상원암 불량비(佛糧碑)에 의하면 1794년(정조 18) 대대적으로 보수했다고 한다.
그 뒤의 자세한 연혁은 전하지 않는다. 일제강점기의 31본산시대에는 보현사(普賢寺)의 말사였다. 현존 건물은 본전을 비롯하여 칠성각, 불유각, 산신각이 있다. 상원암이라는 현판은 김정희(金正喜)의 작품이다.